La desaparecida iglesia románica de San Pedro (siglo XIII) es una de las iglesias que tuvo Brihuega más desconocida, estaba en la ladera oriental del castillo, en los «extramuros», y fue una de las cinco iglesias levantadas en la Edad Media por los arzobispos toledanos. Aparece como abandonada en el siglo XVI y ya como ermita en el XVIII. En la actualidad apenas se puede apreciar el basamento de la columna sustentadora del arco que daba paso desde la única nave al ábside y los bajos de la mampostería del lateral norte. El profesor Abascal Palazón levantó un croquis en 1977.

La desaparecida iglesia románica de San Juan, esta ya más reciente, estaba en el Barrio Nuevo, en la parte más alta de la villa. Fue levantada en el siglo XII y muy modificada en el XVIII. Arruinada, lo poco que quedaba del templo y su torre fueron derruidos en 1965. En 1984 quedaba algún muro de mampostería medieval, ahora solo queda la cimentación del ábside en un solar, que pasó a ser propiedad del municipio.

El convento franciscano desaparecido en Brihuega es el de San José, fundado hacia 1619 en el prado de Santa María, anejo a la muralla. Tras la Desamortización, se perdió su biblioteca y en su edificio se instaló en 1835 el hospital de la villa que, anteriormente, había estado en la plaza de San Simón. El hospital funcionó un siglo, atendiéndose allí muchos heridos en 1937.

El convento de monjas jerónimas de San Ildefonso (1596) quedó casi en ruinas en 1937. En él se acogieron a las monjas del convento de los Remedios de Guadalajara (que desapareció). Arruinado definitivamente, las monjas lo abandonan en 1971.

El convento de Santa Ana de monjas recoletas de San Bernardo fue fundado en 1615. El primitivo edificio fue arrasado por una tormenta el 5 y 6 de abril de 1877 (apareció en La Ilustración Española y Americana) y fue reconstruido, pero acabó nuevamente arruinado en 1937. Las reparaciones no evitaron que se declarara en ruina el edificio en 1966 y fuera derribado en 1969. Hoy hay un nuevo convento en el exterior de la villa, pero ya sin monjas desde julio de 2021.